U XVII stoljeću grad Tobolsk postigao je veliki razvoj, a nazvao ga je glavnim gradom Sibira. U početku je grad Kremlj bio drven. Međutim, često je bio podvrgnut požarima, pa je kasnih 70-tih godina 17. stoljeća upravitelj Petar Šeremetjejev dobio carski nalog za izgradnju kamenog tobolskog Kremlja. Dakle, 1677. godine započela je gradnja nove Kremlja i katedrale Svete Sofije.
izgradnja
Crkva Aja Sofije izgrađena je više od 10 godina, ali Tobolski Kremlj, prije konačnog izgleda, morao se graditi više od desetak godina. Visina tvrđavnog zida dosegla je četiri i pol metra, a duljina 620 metara. U njemu je bilo 9 sigurnosnih kula. Unutar zidina tvrđave izgrađeno je nekoliko crkava i lijepih odaja (Kazennaya, Prikaznaya itd.), Gostiny Dvor. U arhitekturi tih građevina primjetan je utjecaj europske arhitekture, koji je svojstven razdoblju vladavine Petra Velikog. Projektant i građevinski menadžer bio je divan ruski kartograf i geograf Semyon Remezov.
Na neko je vrijeme obustavljena gradnja Kremlja i nastavljena tek 1746. godine. Te godine sagrađena je intercesijska katedrala pored Aja Sofije. Krajem 18. stoljeća Tobolski Kremlj izgubio je obrambeni značaj i počeo se pretvarati u središte grada. Zidovi tvrđave su se, naravno, morali srušiti. U blizini katedrale Pokrovsky, sagrađena je rezidencija najvišeg svećenika Sibira - biskupa, a pored Ordanske komore - Viceroy Palace, prekrasna građevina u stilu ruskog klasicizma. Međutim, najpoznatiji trenutak u povijesti Kremlja bio je završetak izgradnje divovskog četverostranog zvonika katedrale (75 metara) u predvečerje 19. stoljeća.
Zatvorski dvorac Tobolskog Kremlja
Od prvog desetljeća novog stoljeća Tobolsk se prestao smatrati glavnim gradom Sibira i taj je naslov prenio u drugi veliki sibirski grad - Omsk, koji se sam pretvorio u pretovarno mjesto za osuđenike. Stoga je na teritoriju Kremlja sagrađen zatvorski dvorac, u kojem je bilo smješteno oko tisuću i pol tisuća zarobljenika. Kakve poznate goste ovaj dvorac nije prihvaćao u svojim "gostoljubivim" zidinama: Černeševski, Dostojevski, Korolenko, Petraševski itd. Usput, u sovjetska vremena, posebno u Staljinovo doba, ovaj zatvor je također služio svojoj svrsi
