Jedinstveno mjesto Japana i kompleks prirodnih i klimatskih čimbenika doveli su do izostanka plodne zemlje na otocima. Zemlja nema kopnenu komunikaciju s kopnom. Zbog dugotrajne izolacije, neke su životinje u Japanu toliko modificirane da su klasificirane kao podvrste.
Biljke japanskih otoka
Oko 60% Japana pošumljeno je. Na otocima ima oko 2750 vrsta biljaka, od kojih je 168 nalik drveću. Unatoč kompaktnoj veličini teritorija, klima zemlje je raznolika. Unutar otoka primjećuju se biljne vrste karakteristične za tropske, suptropske i umjerene zemljopisne širine.
Biljke i životinje Japana dugo su se razvijale izolirano od kopna. To je dovelo do nekih razlika u evoluciji vrsta.
Tropska i suptropska vegetacija
Tropske prašume tipične su za otoke Ryukyu. Od oblika drveća uobičajene su sljedeće: palme, ciklida, ficus itd. U planinskim predjelima nalaze se bor i jela. Na otocima ima mnogo vinove loze i epifita, među kojima prevladavaju paprati. O. Yaku je poznat po tome što je sačuvao stabla stara oko 2 tisuće godina. Imaju duljinu do 50 m, a promjer prtljažnika do 5 m.
Morska obala oko. Kyushu također zauzima tropsku vegetaciju. Na ovom otoku mogu se naći šume iz suptropskih stabala do visine od 1 km. Isti su predstavnici flore tipični za Shikoku i Honshu (južni dio). Dominantne vrste su zimzeleni hrastovi, čempresi, borovi, arborvitae i druge endemske vrste. U podzemlju se mogu razlikovati magnolije i azaleje. U stara vremena, južni dio japanskih otoka bile su okupirane lovorovim šumama u kojima su uglavnom rasle lovor kamfora, čajevca i japanska kamelija. Danas su te šumske zajednice tek oko. Honshu. Sastav vrsta u njima se donekle promijenio. U suptropskoj zoni ponegdje se mogu naći lukovi bambusa i ginka.
Listovne šume
Sjeverni dio od oko. Honshu i južna polovina fra. Hokkaido je okupiran tim šumama. U njima dominiraju hrastovi, bukve, kesten, javor, lipa, jasen, grah i druge drvene biljke. Padine planina zona su listopadnih i crnogoričnih šuma. Potonji su predstavljeni kriptomerijom, tsugom, tisa, itd.
Otprilike. Hokkaido na nadmorskoj visini od 0, 5 km, ovu biljnu zajednicu zamjenjuje jelka-smreka s dodatkom bambusa. Dio planinskih vrhova nalazi se izvan šumske zone. Zauzimaju ih posebne biljne zajednice, koje uključuju kedrov elfin, rododendron, heather itd.
Antropogeni utjecaj na floru i faunu Japana prilično je velik, zbog ograničenog teritorija i gusto naseljenih područja. Smanjuje se obična šuma i na njihovom mjestu se stvara poljoprivredno zemljište.
